ภาษีมูลค่าเพิ่ม กรณีการเสียภาษีมูลค่าเพิ่มจากการให้บริการ

         บริษัท A เป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม โดยประกอบกิจการผลิตอาหารสำเร็จรูป ประเภทติ่มซำ เบอร์เกอร์ เบเกอรี่ สินค้าข้าวกล่อง และอาหารสำเร็จรูปแช่แข็งเพื่อการส่งออก บริษัทฯ ขอหารือเกี่ยวกับกรณีการเสียภาษีมูลค่าเพิ่มจากการให้บริการ โดยมีข้อเท็จจริงสรุปได้ ดังนี้
         1. บริษัทฯ ได้ทำสัญญาว่าจ้างจัดตั้งโครงการเบเกอรี่คาเฟ่ กับ บริษัท B โดยบริษัทฯ ตกลงดำเนินการตามสัญญา ดังนี้
              (1) จัดหาและพัฒนา สินค้าเบเกอรี่ต่างๆ ในกลุ่มสินค้าโดยเฉพาะสินค้า Frozen Dough
              (2) รับรอง ดูแล และรับการถ่ายทอดความรู้จากที่ปรึกษา ผู้เชี่ยวชาญ
              (3) ดำเนินการประสานงานเรื่อง Store Layout
              (4) Create Product Concept
              (5) วางตำแหน่งผลิตภัณฑ์สินค้า (Positioning)
              ฯลฯ
         2. บริษัท B ตกลงชำระค่าตอบแทนให้แก่บริษัทฯ ดังนี้
              (1) ค่าตอบแทนตามค่าใช้จ่ายที่ได้จ่ายจริงในแต่ละเดือน และบวกอีกร้อยละ 3 ของค่าใช้จ่าย ที่เกิดขึ้นจริงในแต่ละเดือน
              (2) ค่าตอบแทนจำนวนร้อยละ 0.5 ของยอดขายสุทธิของสินค้าจากโครงการเบเกอรี่คาเฟ่โดย ในการเรียกเก็บค่าตอบแทนจากบริษัท B บริษัทฯ ได้ออกใบแจ้งหนี้เรียกเก็บค่าตอบแทนในส่วนของค่าใช้จ่าย ที่บริษัทฯ ได้จ่ายไปจริงในแต่ละเดือน และบวกอีกร้อยละ 3 ของค่าใช้จ่ายที่เกิดขึ้นจริงในแต่ละเดือน และ ค่าตอบแทนจำนวนร้อยละ 0.5 ของยอดขายสุทธิของสินค้าจากโครงการเบเกอรี่คาเฟ่ พร้อมทั้งภาษีมูลค่าเพิ่ม
         3. ในบางเดือนบริษัทฯ ไม่ได้เรียกค่าตอบแทนในส่วนที่บวกอีกร้อยละ 3 ของค่าใช้จ่ายที่เกิดขึ้นจริงใน แต่ละเดือน บริษัทฯ จึงออกใบแจ้งหนี้เรียกเก็บค่าตอบแทนในส่วนที่ขาดดังกล่าวโดยระบุจำนวนภาษีมูลค่าเพิ่ม ที่ต้องชำระไว้ด้วย บริษัท B ก็จะชำระค่าตอบแทนส่วนที่ขาดและภาษีมูลค่าเพิ่มให้แก่บริษัทฯ ตามที่บริษัทฯ เรียกเก็บ ซึ่งบริษัทฯ ก็จะออกใบกำกับภาษีให้แก่บริษัท B ในวันที่ได้รับชำระค่าตอบแทนส่วนที่ขาดดังกล่าว และนำส่งภาษีมูลค่าเพิ่มในเดือนที่บริษัทฯ ได้รับชำระค่าตอบแทนส่วนที่ขาดนั้น การปฏิบัติของบริษัทฯ ถูกต้องหรือไม่ อย่างไร่